退職時に資格確認書を返納するよう会社担当者から説明を受けましたが、本人と妻の資格確認書は返納できる状態ですが、大学生である長男の資格確認書だけが揃ってません。家族全員分が揃ってから返納した方が良いのですか？

家族全員分を揃えて返納いただくことが基本ですが、ご質問の場合には、本人と妻の資格確認書だけを先に返納いただき、後日、長男の資格確認書を返納してください。
なお、万が一、資格確認書を探しても見当たらない場合には、資格確認書に替えて「健康保険資格確認書滅失届」を提出してください。